เทศบาลตำบลหนองหญ้าไซ ประกอบไปด้วย ส่วนราชการ จำนวน ๓ ส่วนราชการ คือ
1.สำนักปลัดเทศบาล ซึ่งประกอบไปด้วย งานบริหารทั่วไป งานธุรการ งานนโยบายและแผน งานการศึกษา งานพัฒนาชุมชน งานนิติการ งานบริหารงานบุคคล งานกิจการประปา งานป้องกันและบรรเทาสาธารณภัย
2.กองคลัง ประกอบไปด้วย งานการเงินและบัญชี งานจัดเก็บรายได้ งานพัสดุ
3.กองช่าง